Может ли договор коммерческого найма жилого помещения выступать в качестве доказательства нарушений в уплате налогов?

Да, Вы вправе зарегистрироваться в качестве самозанятого лица, так как осуществляете свою деятельность на территории Москвы, которая включена в территории эксперимента по применению налога на профессиональный доход. Сдача в аренду недвижимости (включая жилую) подпадает под условия для применения данного налогового режима, поэтому регистрироваться в качестве ИП не требуется. Регистрация ИП в данном случае будет на порядок обременительнее, так как ежемесячно требуется уплачивать страховые взносы.

Уплачивать самозанятому лицу необходимо 4% от доходов, полученных от физических лиц, и 6% - если Вам заплатило юридическое лицо за оказанные услуги.

В данный момент ФНС не осуществляет контроль за полнотой уплаты налогов, рассчитывая суммы лишь по указанным данным. Однако в случае каких-либо проблем или жалоб со стороны арендатора или соседей, проверка может быть проведена в полном объеме и именно договор станет первым подтверждением, что Вами получен незадекларированный доход.

Передавались деньги или нет – налоговая уже будет выяснять, опрашивая вторую сторону и возможных свидетелей. К тому же, если Вы сдаете муниципальное помещение в аренду, то потребуется согласие владельца недвижимости – а это еще один факт в копилку доказательств против Вас для ФНС.

Точно так не стоит рисковать и вести деятельность без регистрации – это чревато последствиями, если возникнет какая-либо конфликтная ситуация.

Кроме того, самозанятый гражданин, указывая в приложении «Мой налог» полученный доход, обязан на эту сумму подготовить и выдать любым удобным способом (включая электронный) чек своему контрагенту (в Вашем случае – арендатору).